Le pangolin est innocent (mais pas complètement blanc), selon une étude du CNRS

Près de cinq ans après l’apparition du Covid-19 dans nos vies, la communauté scientifique internationale n’a toujours pas réussi à déterminer avec certitude son origine. a prioriLes premiers cas ont été détectés fin 2019 à Wuhan (Chine), deux théories s’affrontent : fuite d’un laboratoire de la ville où des virus similaires étaient étudiés, ou animal intermédiaire ayant infecté des personnes fréquentant un marché local. Cette dernière théorie a les faveurs de la communauté scientifique.

Pointé du doigt, le pangolin est rapidement apparu comme le coupable idéal, et pourtant. Au début de l’épidémie, le pangolin n’était pas présent sur le marché, explique à BFM TV Florence Débarre, chercheuse au CNRS et co-auteure d’une étude sur les origines du Covid publiée jeudi dans la revue Cellule. Serait-il donc totalement étranger à cette épidémie ? Pas forcément, assure le chercheur. « Des virus similaires au SARS-CoV-2 ont été détectés chez le pangolin à plusieurs reprises. Il est donc envisageable qu’à un moment ou à un autre, dans la longue chaîne d’événements, il ait été un hôte. Mais comme la chauve-souris, il est peu probable qu’il ait directement infecté l’homme. »

Aujourd’hui, une nouvelle liste de suspects potentiels vient d’être établie. Les soupçons pèsent sur la civette, le rat de bambou, le porc-épic et le chien viverrin ou « racoon dog » selon l’étude. Ce dernier, sorte de mélange entre un raton laveur, un chien et un renard, est désormais présenté comme le principal suspect. « Le chien viverrin est une espèce pour laquelle il a été démontré expérimentalement qu’il peut non seulement être infecté et avoir sa version du Covid, mais aussi le transmettre. Cela en fait un suspect important », explique Florence Débarre.

L’étude, importante dans le monde scientifique, apporte de nouveaux éléments renforçant l’hypothèse d’une transmission à l’homme par des animaux infectés introduits dans un marché de Wuhan. Elle se base sur l’analyse de plus de 800 échantillons collectés dans ce marché où étaient vendues différentes espèces d’animaux sauvages. Collectés en janvier 2020, après la fermeture du marché, ils ont été prélevés sur des surfaces, dans divers stands, notamment ceux vendant des animaux sauvages, et dans les égouts.

Avec ce type de données, mises à disposition des chercheurs par des scientifiques chinois, « on ne peut pas dire avec certitude si les animaux (présents sur le marché) étaient infectés ou non », prévient Florence Débarre. Mais, « notre étude confirme qu’il y avait des animaux sauvages sur ce marché fin 2019, appartenant notamment à des espèces comme les chiens viverrins ou les civettes. Et que ces animaux étaient présents dans le coin sud-ouest du marché, qui se trouve aussi être une zone dans laquelle de nombreux virus SARS-CoV-2, responsables du Covid-19, ont été détectés », explique-t-elle. La présence sur le marché de ces espèces, identifiées comme de probables hôtes intermédiaires du virus entre les chauves-souris et les humains, a été contestée et jusqu’à présent seules des preuves photographiques et les résultats d’une étude décrivant les animaux vendus à Wuhan étaient disponibles.

Le marché comme point de départ

Dans l’étude, « des chariots pour animaux, une cage, un chariot à ordures et un épilateur de poils et de plumes provenant d’un étal pour animaux sauvages » ont été testés positifs au SARS-CoV-2 et il y avait « plus d’ADN d’espèces de mammifères sauvages que d’humains » dans ces échantillons. De l’ADN d’espèces sauvages a été trouvé dans les échantillons positifs de cet étal, notamment des espèces telles que des civettes, des rats de bambou et des chiens viverrins. « Ces données indiquent que soit les animaux de cet étal ont excrété le SARS-CoV-2 détecté sur l’équipement animalier, soit que des cas humains précoces non signalés de COVID-19 ont excrété le virus exactement au même endroit que les animaux détectés », expliquent les auteurs de l’étude.

Un autre élément indique que le marché est le point de départ de la propagation du virus. L’étude établit que « l’ancêtre commun le plus récent (MRCA) » du SARS-CoV-2 trouvé dans les échantillons du marché, c’est-à-dire la souche originale, est « génétiquement identique » au MRCA de la pandémie dans son ensemble. « Cela signifie que la diversité précoce du virus se trouve sur le marché, comme on s’attendrait à le voir si c’est le lieu d’émergence », explique le chercheur.

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La nouvelle étude « fournit des preuves très solides que les étals d’animaux sauvages sur le marché… étaient un foyer de COVID-19 », a déclaré James Wood, épidémiologiste à l’Université de Cambridge, au Science Media Center. « Ce travail est important », a-t-il déclaré, car malgré « les efforts mondiaux pour renforcer la biosécurité des laboratoires… peu ou rien n’a été fait pour limiter le commerce d’animaux sauvages vivants, la perte de biodiversité ou le changement d’utilisation des terres, qui sont les véritables facteurs probables des épidémies passées et futures ».